Pada periode 1999-2001, semula KMM DIII FE UNS adalah badan semi otonom BPPI FE UNS (Badan Pengkajian dan Pengamalan Islam), yang mengurusi kegiatan keislaman di lingkungan DIII FE UNS. Kemudian karena berbagai hal, pada tahun 1999 KMM DIII FE UNS melepaskan diri dari kesatuan BPPI FE UNS. Kemudian oleh beberapa mahasiswa angkatan 1999 KMM DIII FE UNS resmi didirikan secara mandiri dengan nama Keluarga Mahasiswa Muslim Diploma III Fakultas Ekonomi UNS (KMM DIII FE UNS).
Dengan lepasnya KMM dari kesatuan BPPI, tidak kemudian lepas pula hubungan kelembagaan dengan BPPI. KMM mulai mengelola dan mengembangkan dakwahnya secara mandiri. Pada Awal kepengurusan KMM, karena masih dalam masa transisi, kondisi kelembagaan baik secara kuantitas maupun kualitas masih tergolong kurang.
Seiring berjalannya waktu dan keinginan KMM untuk menjadi sebuah organisasi yang berkualitas maka pada tahun 2002 diadakan penambahan satu bidang yaitu, bidang Pengembangan Organisasi yang diharapkan dapat meningkatkan kemampuan berorganisasi bagi pengurusnya.
Pada periode 2003 terdapat penambahan satu departemen yaitu Departemen Ekonomi Syari’ah (DESya) yang bernaung di bawah bidang Pengembangan Organisasi, yang diharapkan dapat menjadi fasilitator untuk mempelajari ekonomi syari’ah. Kegiatan Ekonomi Syariah yang dijalankan tidak hanya di tingkat regional, namun telah memasuki kawasan nasional, dengan jaringan FoSSEI (Forum Silaturahmi dan Studi Ekonomi Islam) lingkup Jateng maupun nasional oleh Departemen Ekonomi Syariah (DESya).
Pada kepengurusan periode ini, kemajuan kelembagaan terlihat dengan adanya perkembangan kelengkapan organisasi, dengan dibentuknya Sekretaris Umum, yang berperan sebagai Second Leader dalam kepengurusan KMM DIII FE UNS.
Sampai dengan periode 2007, kepengurusan KMM baru mengalami fase pergantian kepengurusan sebanyak 7 (tujuh) kali sejak KMM DIII FE UNS resmi berdiri sendiri (Akh Eko Pujiatmoko Akt/ 2001, Akh Beni Nugroho Tri Wibowo Akt/2002, Akh Suwarto MP/2003, Akh Fajar Suryono MI/2004, Akh Eko Siswanto MP/2005, Akh Anom AP/2006, Akh M. Taufik H MP/2007). KMM adalah salah satu dari 4 (empat) UKM yang terdapat di DIII FE UNS, dan sebagai satu-satunya UKM DIII FE UNS yang berazaskan Islam dan berorientasi dakwah di masyarakat fakultas khususnya dan masyarakat kampus umumnya.
Selain aktif dalam dakwah fakultas, KMM juga ikut andil di tataran kampus UNS, dengan peran sertanya dalam setiap kegiatan dakwah kampus yang tergabung dalam Forum Bersama Lembaga Dakwah Kampus UNS (FORBES LDK UNS) yang anggotanya terdiri atas UKM / SKI seluruh fakultas di UNS. KMM DIII FE UNS merupakan salah satu LDF tingkat program diploma yang sudah cukup established di tataran kampus UNS dan menjadi salah satu pemrakarsa munculnya LDF tingkat program diploma di fakultas yang lain.
